保密资质和军工保密资质在多个视点存在很显着的差异，以下是对两者的具体比较：
保密资质：一般指的是涉密体系集成资质，是从事触及国家秘密的计算机信息体系集成事务的单位需求获得的资质。这些事务包含但不限于软件开发、网站建造、安防监控、数据保护、运转保护等。保密资质是保证国家秘密信息安全的重要措施。
军工保密资质：全称为武器配备科研生产单位保密资历，是国家对武器配备科研生产单位的保密门槛的点评和认可。该资质是企业和事业单位承当涉密武器配备科研生产任务的必要条件，大多数都用在国防科技领域，尤其是国防军工体系。
甲级资质单位能够在全国规模内从事绝密级、机密级和秘密级信息体系集成类事务。
乙级资质单位能够在注册地省、自治区、直辖市行政区域内从事机密级、秘密级信息体系集成类事务。
甲级资质由国家保密行政管理部门主管；乙级资质由省级（自治区、直辖市）保密行政管理部门主管，并向国家存案。
一级保密资质由国家保密行政管理部门牵头批阅，会同国家科技工业局和配备发展部一起主管批阅。
保密资质和军工保密资质在界说与规模、等级规划区别、检查流程与规范及应用领域与主管部门等方面均存在十分显着差异。两者尽管都是保证国家秘密信息安全的重要资质，但各自具有共同的合适运用的规模和检查要求。